1、在建工程的范围十分广，情况复杂，对估价要求的专业技术性强。在建工程的个性差异往往比较突出，不同工程之间的可比性较差，对在建工程抵押估价要建立在对其全面分析了解的基础上。
2、在建工程资金投入与工程实际进度存在着时差和量差，这时在建工程抵押评估中经常会考虑的因素。建设资金的投入量与实际形成的工程资产价值量和形象进度往往不尽一致。花在在建工程上的实际费用支出与其形象进度并不一致，有时偏差还很大，因此实际的费用支出并不能客观地反映在建工程的抵押价值。
3、大中型尤其是特大型工程项目建设周期长，资金成本较高，其所含实物资产价值与货币资金的时值存在着价值背离问题。
4、在建工程存在着债权债务问题和投资风险问题，在估价中要注意格外关注。而且在其竣工投产之前表现为投资的积累，通常无收益可言，且未来预期收益难以确定。
5、在建工程涵括了从刚刚投资兴建的工程到已完工建设但尚未交付使用的工程。这些完工进度差异巨大的在建工程，自身可比性较差，评估时不易找到合适的参照物。
6、对工期较长或停建多年的工程，由于市场和外部条件的变化，其技术性、功能性贬值不可忽视，特别是在采用成本法估价时。有的项目还没建成在市场上就已经落后了，市场价值远低于实际的投入。
7、在建工程的价值并非各项投入的累加，要根据市场情况体现出其潜在的利润，这也是对在建工程采用成本法和假设开发法估价时的难点之一。
8、按照工程项目的建设程序，土地费用和不构成工程实体的前期费用往往是先行投入的，与工程的实际进度无关，在估价时不可遗漏。
9、对在建工程的估价往往无法直接采用一般房地产估价的方法，应结合在建工程的特点对各种方法进行修订后灵活地综合使用。
因此，在传统评估技术路线中，一般采用成本法和假设开发法，但由于在建工程资产的收益率并不是总处在社会平均水平位置，其预期收益可能明显高于或低于社会平均水平，这样对在建工程的估价针对特定的评估目的则要运用到其他评估方法，以便更好地考虑该在建工程超额收益或减额收益对其评估值的影响，从而使其估价结果进一步贴近市场。
